院长：能修
扬州大明寺住持，中国佛教协会常务理事，江苏省佛协副会长，扬州市佛教协会会长，扬州政协常委，鉴真第83代传人，唐招提寺传戒和尚，中日亲善大使，鉴真学院创始人之一。
负责学院全面工作。分管重大决策、重大合作、重大项目以及人事、财务工作。
常务副院长：宗金林
江苏省委党校研究生，副研究馆员。曾任扬州市委统战部常务副部长（二级巡视员）。主持学院日常工作，负责思想政治建设、院校高质量建设、校园文化建设、绩效考核。协助分管人事工作。
副院长：仁如
获日本高野山专修学院唐密方向（阿阇黎位)。负责招生、教学、学僧管理、道风建设、对外交流。分管教务处、学工处、招生办。联系鉴真学院理事会。
副院长：宋华忠
负责安全生产和后勤保障工作，宣传及意识形态领域工作，科研和继续教育工作。分管培训部、研究生部、编辑部、办公室。协助分管财务工作。
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